El trasvase está gestionado desde el Gobierno estatal, dado que es el que tiene competencia en los ríos cuya cuenca afecta a varias comunidades autonómas, a través de la comisión de explotación del trasvase Tajo-Segura. Si en los embalses de cabecera del Tajo existen 240 hm³ o menos de agua, no se puede trasvasar agua bajo ningún concepto, puesto que esta agua es únicamente para garantizar las demandas de la cuenca hidrográfica del Tajo.